小儿肠套叠可能与上呼吸道感染及病毒感染有关，也可能与小儿胃肠功能发育不健全，饮食改变，肠道感染等多种原因有关。慢性肠套叠一般继发性，如梅克尔憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点，肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形等。
一、主要病因
小儿肠套叠发病原因尚不十分明确，可能与以下因素有关。
1、婴幼儿自身因素：正常情况下大肠和小肠被包裹在其外面的肠系膜悬吊、固定在腹腔后壁上，婴儿回盲部系膜尚未完全固定、活动度较大导致部分肠管突入相邻肠道官腔，是易发生肠套叠的结构上因素。
2、解剖因素：多见于婴幼儿，婴儿肠套叠中回盲型约占95%，婴儿期回盲部游动性大，回盲瓣过度肥厚，回盲瓣呈唇样凸入盲肠，加上该区淋巴组织丰富，受炎症或食物刺激后易引起充血、水肿、肥厚，肠蠕动易将回盲瓣向前推移，并牵拉肠管形成套叠。
3、机械原因：继发性病例多为年长儿，发生套叠的肠管多有明显的机械原因，如憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点，肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型过敏性紫癜致肠壁血肿等均可牵引肠璧而发生肠套叠。
4、胃肠功能发育不健全：如饮食改变，如添加辅食时间过早，早期添加辅食量过大有关。
5、器质性原因：较少见，肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹部紫癜致肠壁肿胀增厚等均可牵引肠壁发生肠套叠。
 
二、诱发因素
1、感染：少数因因感染引起，包括上呼吸道感染、轮状病毒感染，肠息肉等。
2、饮食改变与食物刺激：婴儿时期肠道未能立即适应新添加食物的刺激，导致肠道功能紊乱，促使某段肠管套人另一段肠腔之中，此外，婴儿开始哺乳时速度急促，可以引起强烈的肠蠕动，可能诱发肠套叠。
3、自主神经因素：婴儿时期交感神经发育迟缓，自主神经系统活动失调，副交感神经使肠管收缩紧张，交感神经舒张不良，以至近端肠管套入远端肠腔诱发肠套叠。
4、痉挛因素：由于各种原因的刺激，如食物、炎症、腹泻、细菌和寄生虫的毒素等，使肠道产生痉挛，运动节律失调或有逆蠕动诱发套叠。