在临床上，对于肺鳞癌的靶向治疗药物目前大多数处在临床研究当中，并没有应用到病人的治疗中。临床上也很少存在专门针对肺鳞癌的靶向治疗药物，因为在研究中并没有发现肺鳞癌的特异性驱动基因，所以很少有肺鳞癌的病人能够从靶向治疗药物中获益，晚期肺鳞癌的治疗仍然是停滞在化疗阶段。
随着免疫治疗时代的到来，免疫治疗药物延长了晚期肺鳞癌病人的生存期，只是对晚期的肺鳞癌病人，可以使用第二代的小分子酪氨酸激酶抑制剂阿法替尼进行靶向治疗，也能够取得一定的治疗效果。