如果自身身体状况良好，早上六点起床跑步，对身体有一定的好处。早上空气新鲜，可以通过运动将体内浑浊的气体排出，使人一整天精力充沛。另外，早上跑步还可以加快新陈代谢，帮助消化，促进胃肠蠕动功能，缓解便秘。
如果是雾霾天气，这时空气中的污染颗粒较多，早上跑步可能会发生呼吸道疾病。如哮喘患者就不适合早上跑步，可能会加重病情。建议调整跑步的时间。
如果是在冬季早上六点起床跑步，早晨的温度较为寒冷，身体还没有完全地激活交感神经系统，有可能会导致身体出现不同程度的不适感，如心跳加速、心律失常等。建议先做热身运动，然后再去跑步，同时要注意保暖，避免出汗后寒气侵袭体内。