卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症包括巧克力囊肿、盆腔子宫内膜异位结节，以及子宫腺肌症。卵巢巧克力囊肿是经血逆流导致，经期会有经血逆流，如果逆流的经血种植在卵巢表面，定期剥脱、出血，逐渐增大就会形成巧囊，这与女性的特殊体质相关，因为大部分女性都有经血逆流，只有少部分女性才会出现巧囊。
对于卵巢巧克力囊肿要采取手术治疗，多选择巧囊剥除术，剥除之后因为还有经血逆流，有时还会复发，所以对于不要求保留生育能力者，也可以巧囊剥除的同时行子宫切除，可以大大降低巧囊复发的概率，甚至可以行全子宫加双附件切除，就不会再有复发，但也有一定的弊端。