IgA肾病最显著的特点是在肾小球的系膜区，有免疫球蛋白IgA广泛的沉积。同时可以伴有IgM和IgG的沉积，而补体的沉积也非常普遍。除了系膜细胞增生以外，随着病情的发展，有小管的萎缩、间质纤维化以及新月体形成等。
因此，导致了IgA肾病的临床表现形式复杂多样，可以是单纯性的血尿和蛋白尿，也可以发生大量蛋白尿，导致肾病综合征的改变，而高血压、慢性肾功能衰竭、急性肾衰竭的发病率也比较高。所以IgA肾病的患者尽可能根据病理活检，提供合理的治疗方案，预后有很大的差异。