小儿特发性尿钙增多症的病因尚完全未明确，医学界认为该病有明显的遗传倾向，同时可能与长期食用钙和草酸盐含量过高的食物、身体维生素D代谢发生紊乱、肾小管重吸收功能发生障碍等因素有关。
一、主要病因
1、肠钙吸收亢进：主要是因为空肠对钙离子的选择性吸收过多，血钙的暂时性升高导致肾小球滤过的钙离子增多，甲状旁腺分泌因此受到抑制，使肾小管重吸收钙减少，导致尿钙排泄增而血钙可维持稳定。
2、肾漏出钙过多：主要是因为肾小管功能受损，无法正常进行钙离子重吸收这一过程，导致尿钙漏出过多尿钙增多。
3、肠道和肾小管均存在功能障碍：肠道和肾小管均存在功能性问题，肾小管无法正常重吸收，甲状旁腺也无法正常合成1,25二羟基维生素D3，最终无法维持尿液中钙离子的浓度致使尿钙增多。
二、诱发因素
1、过量食用高钙食物：过量食用高钙食物会导致身体里钙离子堆积，为了维持身体内环境的相对稳定，身体会将多余的钙离子通过尿液方式排出。
2、长期食用高草酸盐食物：草酸在人体内如果遇上钙会生成草酸钙，不易被吸收，长时间食用高草酸盐食物不仅会造成结石，还会影响钙的吸收。
3、甲状旁腺素、前列腺素分泌紊乱：甲状旁腺素和前列腺素的不正常分泌，会破坏身体的反馈调节机制，从而导致肾小管无法正常重吸收钙离子。