原发性免疫缺陷病的根本病因是由于基因缺陷，导致免疫系统功能不完善的疾病，基因缺陷导致免疫细胞和免疫分子不能发挥正常的作用，机体抗感染免疫功能低下或免疫功能失调，从而表现出一组临床症状。
一、主要病因
自身基因突变或由父母遗传而来的基因突变，使蛋白表达错误，从而无法合成有功能的免疫球蛋白或细胞因子，免疫系统则无法发挥正常的防御功能，从而导致各种感染和免疫紊乱的疾病。其根本原因为基因层面的问题，所以常在婴儿期即可发病。
二、诱发因素
1、药物：母亲孕期口服致畸、致突变的药物。
2、环境污染：生活的环境有重金属或化学毒物污染，易导致基因突变。