乳糖不耐受检查包括氢呼气试验、大便酸性测试、肠道活组织病理检查等。氢呼气试验需要禁食12小时，然后口服50克乳糖。如果有乳糖酶缺乏，乳糖只能被肠道细菌分解为氢气与甲烷，而在被试者呼气时被测出。而肠道活组织检查是创伤性的极少釆用。粪便测酸最简单，尤其适用于小儿。大便常规阴性，还原糖阳性，而PH值低结合临床表现即可诊断。