真菌性脑膜炎在临床上最常见的是隐球性脑膜炎，曲霉菌脑膜炎，毛霉菌脑膜炎。无论是哪种真菌性脑膜炎都有共同的临床症状就是：发热，头痛，恶心，呕吐等高颅压表现及脑膜刺激征阳性。另外隐球菌脑膜炎常会损伤视神经、动眼神经、展神经、面神经，其中视神经受损是最常见的，因此隐球菌脑膜炎会伴随有相关神经受损的临床症状。曲霉菌性脑膜炎可能有角膜溃疡，眼结膜和睫状体充血；毛球菌脑膜炎的话可能会出现眼球活动障碍，偏瘫，癫痫及意识障碍等。