绝大多数肾囊肿患者临床上并无明显症状，有部分患者由于囊肿本身增大或囊内压力增高、感染等因素，出现腰腹部不适或疼痛、血尿、腹部肿块，甚至高血压、蛋白尿等症状，随着疾病进展可能会有并发症的出现。
一、典型症状
1、腰腹部不适或疼痛：是大多数肾囊肿患者的首发症状，由于肾脏肿大和扩张，使肾包膜张力增大，肾蒂受到牵连，或使周围邻近器官受压导致。此外，肾脏囊肿含水量增加，可使肾脏下坠牵拉也会使腰腹部不适或疼痛，疼痛的特点为隐痛、钝痛，固定于一侧或双侧，向下部及腰背部放射。如有囊内出血或继发感染，则会使疼痛突然加剧，如合并结石或出血后血块阻塞尿路，则可出现肾绞痛。
2、镜下血尿：随着病情恶化肾囊肿患者会产生的一个显著症状，多表现为镜下血尿。发作呈周期性，剧烈运动、创伤、感染可诱发或加重。多是由于囊壁下方动脉因压力增加或合并感染，而过度牵拉破裂岀血。
3、腹部肿块：有时为患者就诊的主要原因，部分患者可触及肿大的肾脏。
4、高血压：在血清肌酐未增高之前，约半数出现高血压，这与囊肿压迫周围组织，激活肾素-血管紧张素-醛固酮系统有关。出现高血压者囊肿增长较快，可直接影响预后。
5、蛋白尿：一般量不多，一般24小时尿蛋白不会超过2g，多不会发生肾病综合征。
6、肾功能减退：由于囊肿占位、压迫，使正常肾组织显着减少，肾功能进行性减退。
二、其他症状
单纯性肾囊肿常被偶然发现，大多数患者并无明显的症状，一般只有在直径达到10cm时才会有一系列的临床表现。