脊柱结核治疗的目的是彻底清除病灶、解除神经压迫、重建脊柱稳定性、矫正脊柱畸形。规范的抗结核治疗是脊柱结核治愈的关键，必须贯穿整个治疗过程。除药物治疗外，全身支持治疗、局部制动也是非手术治疗的重要组成部分。
一、一般治疗
一般治疗包括全身抗结核药治疗与局部制动两种治疗方法。
1、一般采用两种抗结核药物联合应用，3～6个月后改为单种抗结核药物治疗，整个疗程应不少于两年。
2、局部制动采用石膏背心(胸椎及上腰椎结核)以及石膏腰围带一侧大腿(下腰椎结核)固定，固定期为3个月，固定期间应多卧床休息。对全身情况不能耐受石膏固定者，可以使其睡特制的石膏床3个月。
二、药物治疗
1、利福平：灭菌作用最强。口服后经肠道吸收，在血液中能较长时间维持高浓度，能通过血脑屏障进入脑脊液。利福平有肝功能损害、胃肠道反应、皮肤反应、流感样反应等副作用。故肝功能有严重损害及胆道有梗阻的患者忌用，老年人、儿童、营养不良者慎用。
2、异烟肼：具有最强的早期杀菌作用，预防药物产生耐药性最好。口服吸收快，易渗入胸腔、腹腔、脑脊液和关节液中，且能渗入细胞内，故亦能杀灭细胞内的结核杆菌。异烟肼对肝功能有损害，还有引起神经炎及精神症状，服用期间注意定期检查肝功能，大量服用时可加服维生素B6。
三、手术治疗
脊柱结核的手术治疗主要由病灶清除和脊柱功能重建两部分组成。
1、结核病灶的彻底清除是控制感染的关键，脊柱结核大多位于椎体及椎间隙，前路手术更容易彻底的清除病灶，附件结核则从后路更容易清除病灶。
2、脊柱功能的重建是通过内固定、植骨或结合使用实现。脊柱结核的手术治疗应综合分析病人病变部位、病变程度、体质、年龄、经济能力等因素，根据个体化原则选择最佳手术方案。