导致儿童自闭症的原因现在并不是太确切，目前认为主要与以下因素有关系：
第一、与遗传因素相关，现在发现儿童患自闭症，可能与孩子的基因突变存在着一定的关系。
第二、孩子的自闭症可能与母亲孕期的病毒感染有关系，比如像EB病毒感染、巨细胞病毒感染等，都是导致儿童患自闭症的高危因素。
第三、孩子体内的免疫功能紊乱，现在认为也是导致儿童患自闭症的因。
第四、可能是由于孩子肠道菌群的分布异常，导致儿童的患自闭症。