飞秒激光近视手术一般比较安全，不会合并后遗症，但是有小部分人可能会有后遗症，说明如下：
1、术后干眼：飞秒激光手术以后部分患者在术后早期，可以伴随出现眼睛干涩症状，可能患了干眼症。飞秒激光手术会切断角膜基质层内的感觉神经丛，术后早期会导致角膜知觉减退，角膜知觉的减退可以导致瞬目反射减少，从而导致基础分泌泪液减少。泪液减少在早期可以导致干眼症，但是随着时间大部分人可以恢复；
2、近视度数反弹：大部分飞秒激光术后的患者，可以保持良好的屈光状态，但是部分患者由于自身的原因，或者用眼不当可以导致近视反弹；
3、其它后遗症：例如合并眩光、夜晚视觉质量差等症状。