原发性卵巢横纹肌肉瘤可能与以下两种因素有关，一种为特殊基因突变，许多遗传综合征可与卵巢横纹肌肉瘤伴发。而另一种病因为孕期接触致畸因素，致使胎儿发生原发性卵巢横纹肌肉瘤。
一、主要病因
1、基因突变：许多遗传综合征可与卵巢横纹肌肉瘤伴发，如李-佛美尼综合征(同时发生乳腺癌、胶质细胞瘤、骨肉瘤、白血病和卵巢横纹肌肉瘤等家族性肿瘤)是P53基因突变。
2、接触致癌物：母亲服用大麻或可待因，母亲怀孕期间或婴幼儿有放射性接触史，母亲怀孕期间服用致畸药物，患儿出生时有窒息史，都可能发生原发性卵巢横纹肌肉瘤。
二、诱发因素
1、长期接触易致癌因素者，尤其是射线、化学致癌物。
2、免疫因素，机体的免疫监视体系在防止肿瘤发生上起重要作用，肿瘤患者的免疫力低下，并随病情的进展而进一步加剧。