肚子两边痛最常见的就是肠道的疾病，肠道疾病包括功能性疾病和器质性疾病。功能性疾病就是做肠镜并没有发现具体的病变，而是肠道蠕动的增强，或者肠道的高敏感所引起的腹部疼痛。如果进食不当、食物不耐受，或者因为肠道蠕动的亢进，比如着急、紧张时引起来的腹痛，也就是我们所说的肠易激综合征都可能导致这样的表现。但是肠易激综合征除腹痛以外可能还伴有大便的异常，腹泻以后或者便秘排便以后腹痛都能比较快的缓解。
肠道器质性的疾病包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，往往都伴有腹痛和大便的异常。溃疡性结肠炎除腹痛以外，还可能会出现黏液血便。克罗恩病同样可以出现腹泻，但往往会引起人生长发育尤其是儿童的异常。