腱鞘囊肿的发病原因不明，有可能与组织的退变和损伤部位长期的摩擦、刺激有关。目前有多种病因理论认为腱鞘囊肿是一种关节退行性的囊肿，因长期的慢性炎症刺激、创伤、感染和慢性的劳损，导致关节囊韧带和腱鞘等结缔组织营养不良，继而发生的一种退变。
也有观点认为腱鞘囊肿实际上是关节周围的滑液漏入到周围组织，逐渐形成囊壁包裹，最后形成囊肿。还有观点认为，关节周围组织的胶原发生黏液变性，也可能会形成腱鞘囊肿，有部分患者在发病前通常在囊肿的局部有反复创伤的病史。