1、病理检查：囊壁见黏液，漂浮一些细胞团。囊壁上皮呈单层柱状排列，部分上皮排列成假复层。
2、实验室检查：根据临床症状，进行细胞穿刺，送病理实验室做进一步的病理分析，排除癌症后确诊。
3、浅表器官超声：甲状腺舌管囊肿及瘘管首选的检査方法，可以更好地观察囊肿大小及位置，以及脓肿与瘘管的关系，有助于明确病情。
4、X线造影：可以显示甲状腺舌管囊肿及管，也可确认其位置、形态、边界及其与否的关系。医生通过该检查可以检查明确脓肿的大小及位置，确定治疗方案。