1、超声内镜：可见食管病变部位是否出现结构、层次破坏，但由于克罗恩病常累及食道全层，仅仅通过内镜在黏膜取材，获得典型病理的可能性只有7%~9%，病理往往只能作为排除其他疾病的依据。建议在保证安全的前提下，由经验丰富的内镜医生，多次取材、多点取材、深取，或大块取材，以提高诊断率。
2、实验室检查：可检测出患者是否出现贫血、活动期血沉加快、C反应蛋白升高、周围血白细胞轻度增高，粪便隐血试验阳性、血清白蛋白降低等症状。
3、影像学检查：X线检查可显示患者是否出现潜行性溃疡及管壁增厚，为孤立、散在的多处溃疡，但食管克罗恩病单凭X线检查很难诊断。