先天性短结肠发病机制目前不明确，可能是胚胎时期宫内发育早期后肠区域血管损害所致，有可能是环境因素导致。
1、胚胎发育异常：胚胎发育早期，胎儿结肠附近区域动脉血管损伤，导致发育异常形成先天性短结肠，但具体机制尚不明确。
2、环境因素：农药、碘缺乏和维生素B缺乏可能导致胎儿肠道分化畸形，进而形成先天性短结肠。