结石病根据结石部位、大小、症状等，采取保守或手术治疗。肝内胆管结石如无症状可不治疗，肝外胆管结石需内镜下取石手术，胆囊结石如有症状需手术治疗。
肾脏结石根据病因采取不同策略，如尿酸结石、肾小管酸中毒结石，通过大量饮水，纠正酸中毒，口服抗尿酸药物，如枸橼酸氢钾钠颗粒溶石保守治疗。如果结石超过1.0cm，位于肾盂输尿管交界处，引起肾绞痛症状，需行体外震波、输尿管软镜、经皮肾镜碎石手术治疗。结石滑入输尿管但小于0.6cm，表面光滑，通过大量饮水、蹦跳，予以解痉抗感染止痛保守治疗。如无效或结石在0.6-0.8cm，需体外震波治疗。结石超过1.0cm或体外震波无效，需行输尿管镜手术。
如输尿管结石长时间位于某部位，输尿管壁增厚，说明结石被输尿管粘连、包裹，不适合行体外震波，应行输尿管镜治疗。如输尿管结石梗阻伴感染，在积极抗感染同时逆行插管，待感染好转后二期治疗。膀胱结石需行尿道膀胱镜下碎石取石术，老年男性如合并前列腺增生症，同时行TURP术。