在临床上，预防小儿颈交感神经麻痹综合征最有效的方法主要包括预防先天性患儿的出生以及对出现头部外伤、急性炎症的患儿积极进行治疗。
1、防止先天性疾病患儿出生：通过禁止近亲结婚、减少高龄孕产妇、做好孕期检查等，来防止先天性疾病患儿的出生，进而减少疾病的出现；
2、对出现头部外伤、急性炎症的患儿需要积极进行治疗，避免症状加重，侵及颈交感神经，导致该病发生。