儿童肠系膜淋巴结炎是自限性的疾病，以对症治疗为主。如果有呕吐，要保护胃肠黏膜、止吐。如果孩子有脱水，需要预防和纠正脱水。如果是细菌感染引起，要抗生素治疗。其实病毒感染，也没有什么特殊的抗病毒治疗的时候，主要还是以病毒治疗为主。
如果有腹痛，可以通过肚脐，理疗以及口服益生菌，调节肠道菌群，改善肠道功能，来缓解宝宝腹部的疼痛不适。肠系膜淋巴结炎多继发于呼吸道感染或者是肠道感染之后引起，主要还是原发病的治疗，同时进行肠系膜淋巴结炎的对症治疗。在治疗原发病的基础上给予保暖，通过腹部理疗，肚脐来改善肠道的循环，来缓解肠系膜淋巴结引起的一些不适。如果有发烧，必要时给予退烧药治疗。肠系膜淋巴结要和阑尾炎来鉴别，因为阑尾炎也是表现为右下腹的疼痛，有的时候如果是细菌感染引起，血象也会高。而阑尾炎属于小儿外科的急症，要及时给予治疗，以免阑尾穿孔导致腹部的外科情况。