肺部真菌感染主要临床症状为发热，且发热持续时间大于96个小时以上，经积极的抗生素治疗无效。同时具有明显的肺部症状和体征，如咳嗽、咳痰、咳血、胸痛和呼吸困难以及肺部有湿啰音和胸膜摩擦音。胸片和胸部CT可以见到胸膜下密度增高的结节影，结节周围可有晕轮征。发病10-15天后可见实变区域液化、坏死可见空腔影或新月征。肺孢子菌肺炎胸CT可见磨玻璃样肺间质浸润，并伴有低氧血症。连续两次痰培养可以发现菌丝，培养同样的真菌或者经支气管肺泡灌洗液直接镜检发现菌丝。真菌G试验、GM试验连续两次阳性，考虑为真菌感染。