真菌适宜于在潮湿、温暖的环境繁殖，在有氧、温度合适，且有一定湿度的条件下，空气中飘散的真菌增多，所以真菌感染的发生，也有地区性和季节性的特征，一般发生在夏季，特别是霉雨季节。真菌感染的发病增多与感染，机体抵抗力、免疫力降低及菌落失调等因素有关。
一、主要病因
1、近年来由于器官移植手术广泛开展，免疫抑制剂使用大幅度增加，恶性肿瘤患者的放化疗以及肺结核、艾滋病等严重感染，免疫受损患者不断增加，有很多原本不致病的真菌可以作为机会致病菌引起感染，甚至成为免疫受损患者的重要死亡原因。
2、部分超级真菌感染主要发生在医院内，集中在免疫力低下的人群，如ICU病房的患者，已报道的大规模暴发案例也都是在院内发生。
3、致病性真菌第一步是黏附于宿主的皮肤角质层、黏膜的表面，然后再穿透进去。念珠菌的侵入是先黏附于口腔、胃肠道或阴道的黏膜表面，然后穿透进入细胞内而致病。穿透进入宿主组织的真菌必须侵犯到靶器官或体液，且十分依赖于宿主的免疫缺陷，如病人接受细胞毒类药物使人体免疫细胞受损，这时荚膜组织胞浆菌侵人到人体肺内的巨噬细胞后就可以生长、繁殖而致病。
4、病原性真菌的直接侵入可以破坏组织，产生对组织的破坏和炎症反应，这是侵袭性疾病的成因。当真菌汇集成团、成块时就成为真菌球，它可以使肺支气管阻塞、肾的输尿管阻塞，导致梗阻，发生继发性感染和组织坏死。真菌在心脏瓣膜上增殖就会导致真菌性心内膜炎，当真菌栓子脱落在内脏器官内造成动脉栓塞，就会发生组织坏死。
二、诱发因素
1、人体抵抗力低下时，感染真菌后易发病。
2、人体破损处皮肤表面不小心接触到真菌，则被感染。