小儿肺脓肿的治疗原则需以抗生素疗法为主，可进行痰培养及药敏试验，以确定适用的抗生素种类。此外，可结合中医疗法，病情严重且治疗无效者可考虑手术治疗。
一、一般治疗
小儿肺脓肿患者注意休息和营养，加强支持疗法。对症疗法包括供氧、祛痰和体位引流。
二、药物治疗
抗生素疗法：为主要治疗方法，早期可用青霉素。对青霉素过敏或无效者，可根据痰细菌培养及敏感试验选用敏感抗生素，如头孢菌素、万古霉素及亚胺培南西司他丁钠等治疗。除全身用药外，也可气管滴注抗生素，使在脓腔内达到较高的药物浓度。
三、手术治疗
经抗生素和支持治疗，绝大多数急性肺脓肿可治愈，无需手术。持续发热两周，治疗6～8周无改善应考虑外科引流。对慢性肺脓肿，纤维组织大量增生，并发支气管扩张，或有反复感染、大咯血者应考虑进行肺段或者肺叶切除手术，一般手术在发病后4~12个月内施行为宜。
四、中医治疗
常用千金苇茎汤、金汤、桔梗汤加清热解毒药，如鱼腥草、大青叶、银花、连翘、黄芩等，及活血化瘀药，如当归、赤芍等治疗，有一定疗效。有临床研究证实，单纯用口服清热解毒、活血化瘀、排脓消肿的中药方剂脓疡散治疗有明显效果，药理及药理化学研究也证明脓疡散具有抗炎、祛痰、增强吞噬功能及扩充为血管的作用。
五、其他治疗
可以采用雾化吸入的方式，使肺部脓肿内达到足够高的药量浓度，见效较快。