新生儿核黄疸一般需要长期接受治疗，急性期治疗主要以蓝光照射患儿，促使胆红素排出体外，换血疗法以置换出过多的胆红素，补充白蛋白、免疫球蛋白等。部分患者可以使用苯巴比妥、人血白蛋白、免疫球蛋白等药物进行治疗。
一、一般治疗
当患儿出现抽搐时适当给予镇静，出现呼吸困难时，予以吸氧，增加通气等对症治疗。
二、药物治疗
1、苯巴比妥：为肝酶诱导剂，可诱导肝细胞微粒体的药物代谢酶，促进胆红素的代谢，降低血液中胆红素的浓度，使黄疸消退。
2、人血白蛋白：人血白蛋白可与游离胆红素联结，形成结合胆红素，结合胆红素不能透过血脑屏障，故可降低胆红素脑病的风险。
3、免疫球蛋白：主要用于治疗新生儿溶血性黄疸，它的原理是阻断已致敏的红细胞受到破坏。降低红细胞破坏，从而减少胆红素的来源，以降低核黄疸的风险。
三、手术治疗
本病一般无需手术治疗。
四、其他治疗
1、光照疗法：光照疗法是降低血清未结合胆红素的简单易行的方法，通过改变胆红素产生异构体，使胆红素从脂溶性转变为水溶性，不经肝脏结合，经胆汁或尿排出体外。光照治疗可分为连续照射和间断照射两种方法，以波长为450~460nm的光线作用最强，由于蓝光的波长主峰在425~475nm之间，故一直被认为是人工照射最好的光源，其他如绿光、阳光、日光灯等也有一定的疗效。光照治疗常见的副作用有皮疹、发热、腹泻、青铜症、低钙血症等。
2、换血疗法：换血疗法是治疗急性胆红素脑病最迅速的方法。不管血清胆红素在任何水平，一旦有胆红素脑病的表现就可以进行换血治疗。通过换血能迅速降低胆红素的浓度，防止胆红素对脑继续损害；可以及时换出抗体和致敏红细胞，减轻溶血反应；还可以有效的清除病原体，控制感染，同时可以增加血容量、改善血液循环、增加血液运氧能力、纠正酸中毒、降低血脑屏障通透性，减少胆红素进入脑组织。