甲状腺疾病的原因很多，包括遗传因素、环境因素、自身免疫等，比如饮食中摄入碘的含量不足，导致克汀病、地方性甲状腺肿等，摄入碘过多可以导致甲状腺炎，进而发展为甲亢或者甲减。
还有一部分甲状腺疾病是先天因素造成的，比如先天性甲状腺发育不良或者基因缺陷、基因突变造成的甲状腺功能异常。垂体和下丘脑的疾病也可以影响甲状腺激素分泌，引起甲状腺疾病，比如中枢性甲减或中枢性甲亢。
大部分甲状腺属于自身免疫性甲状腺疾病，其中很多患者是在自身抗体存在的情况下，有一定的诱因激发而引起，也有一部分患者是在妊娠以后或者病毒感染以后，出现一过性甲状腺疾病，往往以甲状腺炎为最常见表现。