目前，还没有预防军团病的疫苗，只能靠早发现、早治疗以及预防为主的综合措施进行控制。针对环境应定期消毒、定期检查、定期通风、可能存留水体的地方，注意进行定期清洗。
1、针对环境因素：预防措施重点对冷却塔、水管网以及其他可能导致有军团菌增殖、传播的固定设施，在设计、维修和管理上，制定相应的易于定期消毒清洗的操作实施方法。其次是卫生部门加强对区域内土壤、动物的军团菌监测工作，重点加强水源监测管理等。冷却塔不用时要排干水，定期机械清洗，除掉水垢。消毒供水系统方法主要有：升高水温(60℃)，定期冲洗供水管道，含氯消毒剂消毒。
2、定期清洗：对家居使用的空调机，经常清洗空气滤网。家庭用的热水管道、淋浴器、加热器等有可能存留水体的地方，注意进行定期清洗。
3、定期通风：在使用空调器的密闭空间，室内空气一定要注意定期开窗通风。
4、加强保健：
（1）锻炼身体，提高机体抵抗能力，保护易感人群，年老或体弱者尽量少到人群密集、空气不畅的公共场所等。
（2）预防土壤传播，小孩在接触土壤后药彻底清洗手，以防感染。