输入袢综合征确诊后首选手术治疗，需及早对胃肠道进行改建，避免出现严重并发症。对于不能手术者可进行支架治疗，多数患者的治疗周期为4周左右。
一、药物治疗
输入袢综合征一般无药物治疗。
二、手术治疗
1、消化道重建术：主要是对肠道进行改建，选择毕Ⅰ式或Roux-en-Y术式进行改建肠道，可有效改善患者的腹部症状。对于合并肠管坏死者需及时切除，对有肠穿孔部位需进行修补治疗，术后进行引流。
2、Braun吻合术：该手术把输入袢和输出袢侧吻合从而解除输入袢梗阻，且对碱性肠液起分流和转流作用。坏死小肠切除，如坏死波及十二指肠降部及水平部，则行胰十二指肠切除。
3、空肠间置术：即在胃和十二指肠之间置入1012cm的空肠段，对于因恶性肿瘤所致的输入袢综合征，如不能手术治疗，可选择经皮穿刺或经经皮肝穿刺置管引流可缓解输入袢综合征。
三、其他治疗
支架治疗：适于体质较差不适于手术的患者，可通过内镜下放置支架进行引流，缓解症状。支架治疗创伤小，但不能根治，容易复发，不作为首选治疗方式。