甲状腺功能减退症可能会影响性功能，一方面在甲减时由于甲状腺激素水平的降低，会导致整个机体的代谢率降低，同时也会影响到生殖系统，造成男性容易发生阳痿、早泄，在女性则会出现月经的异常，导致月经紊乱，出现闭经、月经稀发，部分患者会出现月经量增多。
另一方面是由于甲减时甲状腺功能减退，会导致全身状态的减退，患者会感到疲乏无力，而性腺功能的异常很多时候属于功能性，由于全身的不良影响会带来心理的影响，继而出现性功能减退的情况，所以在甲减时可能会出现性功能的减退，与生理和心理两方面的因素都有关系。