甲亢治疗的整个疗程平均需要1.5-2年，如果甲亢的治疗第一个阶段顺利，需要三个月的时间，这个时间主要是药物的治疗期，治疗期中如果这个过程当中，没有节外生枝的情况，就可能会逐渐减量，进入药物的减量期。
药物的减量期需要半年，甚至更长时间，这个时候经过半年或者半年以上的药物减量期，药物的量减到比较低的水平时候，可能需要维持一段时间，然后就进入了药物的维持期，这个时候直到1.5-2年时间，所以甲亢平均治疗的时间，1.5-2年应该是分为药物的治疗期、药物的减量期和药物的维持期，这三个阶段组成。三个阶段如果顺利，疗程完成就可以停药了。有的甲亢的患者在治疗的过程当中，可能会出现粒细胞的减少或者肝功能受损，有时候不得不减低甲亢的用药剂量，甚至停药，等待粒细胞或者肝功能受损情况纠正以后，再继续应用甲亢的药，这样甲亢的治疗疗程有可能会拖长。