主肺动脉间隔缺损一般经短期治疗后可痊愈，治疗方法主要为手术治疗，可进行直接修补术、介入手术或微创手术。
一、药物治疗
本病无药物治疗。
二、手术治疗
1、直接修补术：医生建立体外循环，阻断缺损处血流后，利用补片修补缺损。本术式创伤较大，手术恢复时间较长，但手术效果好。
2、介入手术：医生通过表浅静脉，将封堵器送至肺动脉处，打开封堵器，堵住主肺动脉之间的缺损处。本术式时间段，创伤小，恢复块，手术效果良好。
3、微创手术：医生在食管超声引导下，通过胸部微小切口，将封堵器送入血管，堵住缺损处。本术式创伤小、恢复块、安全性高，但不适合并发其他心脏畸形的患者。