小肠结肠炎耶尔森菌广泛存在于自然环境中，可通过食用污染的水源和食物传播，常规煮沸、干燥以及常规的消毒剂可杀灭病菌。总体预防措施是管理传染源、切断传播途径和保护易感人群。
1、管理传染源：对从事餐饮行业、保育人员以及给水人员定期体检，以检出慢性患者或者带菌者，对呕吐物以及腹泻物和餐饮用具进行严格消毒。
2、切断传播途径：养成良好的个人卫生习惯，加强饮食饮水卫生管理，处理好污物、污水。
3、保护易感人群：隔离患者，严格执行消毒隔离措施。