肺炎衣原体肺炎起病多隐匿，早期表现为上呼吸道感染症状，与支原体肺炎颇为相似。肺炎支原体感染的疗程一般在2-3周，至于多久能治愈，与患者的个体状态以及是否应用了有效的治疗有关系。通常症状较轻，伴有发热、寒战、肌痛、干咳、非胸膜炎性胸痛、头痛、不适、乏力，少有咯血，发生咽喉炎者表现为咽喉痛、声音嘶哑。有些病人可表现为双阶段的病程，开始表现为咽炎，经对症处理后好转，1-2周后发生肺炎或支气管炎，咳嗽加重，少数病人可无症状。
衣原体感染有时也可伴有肺外表现，如中耳炎、关节炎、甲状腺炎、脑炎、吉兰-巴雷综合征等，体格检查肺部多无异常，偶闻湿性啰音。治疗主要是以大环内酯类抗生素为首选，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、克拉霉素，喹诺酮类和四环素类也具有良好的疗效。