胆囊切除术后综合征的治疗目的是消除病因，通畅胆道引流，控制感染，单纯的对症治疗常得不到良好的结果。因此，治疗前必须进一步探讨其发病原因，得出明确诊断，治疗方法有非手术疗法与手术治疗。
一、一般治疗
包括饮食疗法、输液纠正水电解质与酸碱平衡失调。
二、药物治疗
1、口服抗生素：可在医生指导下口服头孢菌素等抗生素给胆道消炎。
2、解痉止痛药：可在医生指导下口服抗胆碱能药物，如阿托品，还有阿片类镇痛药，如吗啡等。
3、抑酸药物：可口服H2受体阻断剂或质子泵抑制剂，如奥美拉唑、雷尼替丁、法莫替丁等。
4、促胃肠动力药物：可口服多潘立酮、莫沙必利、复方消化酶，以促胃肠动力。
5、利胆药物：可选用消炎利胆片、熊去氧胆酸等促进胆汁排泄的药物。
6、补镁：确认出现镁缺乏后，可通过口服或注射镁剂来补充镁。
三、手术治疗
1、有胆囊或胆囊管遗留过长者，应行胆囊切除术或胆囊管切除术。
2、胆管结石者应行胆总管切开探查，清除结石及各种胆肠吻合术或经内镜括约肌切开术、取石术等。
3、胆管狭窄者可行胆总管成型修复术，或胆道消化道重建术，如胆总管十二指肠吻合术、胆管空肠Roux-y吻合术、Longmire手术等。
4、长期严重的Oddi括约肌功能障碍，EST(经内镜十二指肠乳头括约肌切开)是行之有效的方法，必要时可放置临时支架支撑，有效率可达95%。如果经内镜十二指肠乳头括约肌切开只能短期缓解症状，反复括约肌狭窄，则须行经十二指肠括约肌成形术或胆肠吻合术。