扁桃体手术比较安全、有效，后遗症一般并不明显，只是有时候有的人会有一定程度的咽干，这种情况也并不一定和扁桃体手术有关系，所以扁桃体手术一般没有明显的后遗症。
扁桃体手术有一定的适应症，也就是符合扁桃体手术适用症才建议手术切除，否则不建议做手术切除扁桃体。如果扁桃体反复发炎，达到一年反复发作七次，每两年反复发作五次或以上，每三年反复发作三次或以上，达到这种发作频率，可以考虑做手术切除扁桃体，以达到彻底治愈扁桃体发炎的目的。另外，扁桃体肥大如果引起吞咽困难，以及说话不清晰、有含糊音，还会引起阻塞性睡眠呼吸暂停，也可以考虑手术切除扁桃体。