三个月的婴儿轻微流鼻涕、咳嗽，是有可能会自愈的。小朋友受凉以后可能会有流鼻涕、咳嗽，或者感冒以后也有相应症状。症状不严重的可能自行能够恢复，主要是要注意保暖、避免环境的湿和冷，同时就是尽量的要保证休息时间和治疗。
营养也要保持充足，因为小朋友很小，适合使用的药物受到很大限制，绝大多数药物在很小的年龄段，没有相应的临床试验数据，通常会禁用或者慎用。可以使用生理盐水或者生理海水鼻喷剂喷鼻，能够改善鼻塞的症状，能够减少鼻涕、清洁鼻腔，这个不是药物，所以相对比较安全。如果咳嗽的很严重，必要的情况下还是应该用药进行治疗。