目前尚不清楚，学界上有争议。目前主流观点主要是与胚胎发育、消化道空化过程异常、血管发育等因素有关。
1、可能与胚胎发育有关：推测在胚胎八周前，内胚层管发育中断导致断裂闭锁，八周后由于内胚层过长连接后形成隔膜。
2、与消化道空化过程异常有关：目前多数学者认为该病的病因与小肠闭锁与狭窄的病因相似，是在胚胎期前肠发育过程中腔化障碍所致。
3、与血管发育有关：也有人认为可有血管发育畸形、梗死致胃坏死形成闭锁与狭窄。
4、其他因素：近年也有人通过胎儿镜活检，报道胎儿在宫内患有大疱表皮松解症，可能使幽门部黏膜受累形成瘢痕致幽门闭锁与狭窄。