Prader-Willi综合征患者的症状涉及多个系统，其治疗亦需要多个学科共同参与。应根据不同年龄阶段的表型特征，针对性地进行干预，以提高生活质量、预防并发症并延长生存期。
一、药物治疗
1、性激素：Prader-Willi综合征患者常需要性激素治疗以诱导、促进或维持青春发育。性激素替代治疗还对骨骼正常的发育、肌肉量的增加有积极意义，并具改善患者性生理正常化的作用。但目前还没有关于最合适的激素治疗方案的共识。
2、基因重组人生长激素治疗(rhGH)：可以促进婴幼儿头围、体重、BMI的增长，语言能力及精神、运动发育；促进儿童身高增长加速，改善身材比例及成年终身高，但对认知的改善尚有争议。对体脂成分的改善作用自婴幼儿期持续至成人。因此，即使骨骺闭合，至成人期仍推荐持续基因重组人生长激素治疗，以提高生活质量。一般认为初治时间为婴幼儿早期、肥胖发生前(通常为2岁前)。目前认为Prader-Willi综合征患儿生后4~6月开始基因重组人生长激素治疗是有益的，甚至有专家认为更早可以在生后3个月开始。婴儿期越早使用生长激素，长远的适应能力就越好。
二、手术治疗
胃减容手术用于Prader-Willi综合征亦尚存争议，目前不推荐将该手术用于常规治疗，可在出现危及生命的并发症时考虑。