艾灸肚脐眼具有通经活络行气止痛的作用。肚脐即神阙穴，经常艾灸肚脐，可以治疗身体疼痛，临床上常用于肠麻痹、痹证、手足麻木、四肢酸痛等，主要是利用了中医的“通则不痛的原理”。
艾灸熏肚脐还可以增强脾胃的功能，升清降浊的作用，可以使人体阳气提升，帮助脾胃排出湿气和寒气，调理胃肠功能和人体整体的代谢，用于胃痛、反胃、食欲不振、呕吐、泄泻等。还可以涩精补虚调节睡眠，还能收敛人体的精气神，调节脏腑阴阳平衡、调节体质，使气血畅通帮助睡眠，临床常用于盗汗、自汗、遗精、月经不调、失眠等。艾灸肚脐主要是利用肚脐皮肤薄、敏感度高、吸收快的特点，借助艾灸的纯阳活力透入皮肤刺激组织，以调和气血、疏通经络，从而达到防病健体的功效。