脂肪肝最主要的并不是靠药物治疗，主要是针对病因和降低危险因素。脂肪肝的原因，可以是饮酒所引起，所以如果是酒精性脂肪肝，戒酒肯定是第一位。如果是代谢综合征所引起的，控制血糖、降低血脂可能有助于脂肪肝的改善。
控制危险因素主要是要改变生活方式，建议低糖、低脂的平衡膳食，肥胖的患者应该每日减少热量的摄入，并且进行中等量的有氧运动，体重明显的下降，当然不建议迅速的下降，也能改善肝脏炎症、坏死的程度，但过度的减肥有可能还会加重肝脏的损伤。
当脂肪肝发展为脂肪性肝炎，也就是肝细胞受损了，这时才建议用药物，用保肝药物，如多烯磷脂酰胆碱，水飞蓟宾等，所有药物都是经过肝脏代谢，所以脂肪肝用药一定要慎重，因为过度的用药反而过犹不及，甚至会带来副作用。