慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病原因不明，传统的观点认为感染、变态反应、鼻腔鼻窦解剖学异常是三大主要致病因素，这些致病因素经常交叉在一起。大多数人认为慢性鼻窦炎伴鼻息肉与慢性鼻窦炎不伴鼻息肉都有着鼻窦炎的共同特点疾病，但二者之间从分子、蛋白和细胞水平都有所不同，在治疗策略上也各有其特点。
一、主要病因
1、细菌感染：对细菌在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病中的作用机制和认识比较复杂，认为主要有金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等。
2、多因素导致的非感染性黏膜炎症：呼吸道变态反应是慢性鼻窦炎伴鼻息肉的重要致病因素。
3、纤毛系统功能异常：在临床上最常见的纤毛系统形态与损伤是由于长期使用萘唑啉或麻黄碱类鼻腔减充血剂(尤其在儿童时期使用)导致的药物性鼻炎，这种鼻窦炎的治疗相当困难。先天性纤毛不动综合征在黄种人中比较罕见。
4、环境及社会因素：在欧美国家，慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病与吸烟有明显相关性。此外，低收入人群、长期暴露于职业性粉尘的人慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病率明显偏高。
5、医源性因素：鼻内镜手术失败也是慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病的重要因素，手术失败所导致的鼻腔粘连及过多囊泡形成，容易使疾病复发。
二、诱发因素
1、感染性因素：主要由病毒、细菌、真菌及寄生虫所致。
2、非感染/炎症因素：IgE介导的过敏反应、非IgE介导的过敏反应、药物性鼻炎、外界刺激物引起的鼻炎等可诱发该疾病。
3、正常通气和黏膜引流障碍：多由手术、感染和外伤所致。