卵巢巧克力囊肿手术以后，卵巢能不能够恢复正常的功能，这个主要看在手术当中对卵巢的损伤有多大。如果对卵巢的损伤大，它的功能恢复就差，如果对卵巢的损伤小，卵巢功能是可以恢复到正常的。在一些情况下，由于病情的关系切除了一个卵巢，这一侧卵巢的功能就消失了，但是女性有两个卵巢，如果对侧的卵巢是正常的，对侧正常的卵巢的功能是完全可以替代患侧卵巢功能的。如果在手术以后，由于手术影响到了卵巢的功能，也可以用激素治疗来替代卵巢的功能。