新型冠状病毒的传染源是发生感染的患者和病毒携带者，从临床资料判断，感染患者的传染性似乎比病毒携带者要强。感染后病毒主要集中在上呼吸道包括鼻部以及咽喉部黏膜上皮细胞内，在这里复制，所以在病毒排出后，容易引发健康人感染。
少数重症患者随着病情的进展，病毒逐渐向下呼吸道蔓延，在后期主要是深部痰液以及肺泡灌洗液，病毒含量会高，此时传染性就不如病毒主要侵袭上呼吸道的时候强。对于传染途径，主要通过呼吸道飞沫，以及气溶胶来传播，污染的手触摸口、鼻、眼睛，这个传播途径也非常重要。还有对于污染的食物，如果生吃或者没有做熟，也可能会造成传染。