若肠壁水肿增厚没有得到及时的控制，容易造成肠梗阻、常闭缺血坏死、免疫系统疾病等并发症的出现。
1、肠梗阻：患者出现肠壁水肿增厚导致肠腔狭窄时，肠内容物不易顺利通过，容易引起肠梗阻，导致腹痛、呕吐、腹胀等症状。
2、肠壁缺血坏死：患者长时间肠壁水肿增厚，导致该段肠壁血液循环障碍，容易引起肠壁缺血坏死。
3、免疫系统疾病：若肠壁水肿增厚伴有长期发热、多脏器受累以及抗菌药治疗无效等情况，则可能存在免疫系统疾病。