目前甲状腺细针穿刺活检已经成为甲状腺癌术前诊断最重要的方法之一，但是，也存在以下不足：
第一 、它有一定的误诊率，因为甲状腺细针穿刺的组织量比较少，不能够发现肿块的包膜或者血管浸润，因此，对于甲状腺滤泡状癌它是不能做出诊断的。
第二、肿块的位置如果非常深，那我们这个穿刺取材也是比较困难，比如在气管食管沟的一些结节，这种穿刺是有困难的。
第三、如果肿块的硬度太大，穿刺针无法进入，比如大块状的钙化，这个穿刺针是无法进入的。
第四、并发症，我们对于细针穿刺，对于医生的技术有较高的要求，所以在穿刺的时候，如果对于初学者，可能会在神经、血管损伤的概率要大一些，另外，穿刺以后，整个结节、组织因为反复穿刺会充血、出血。