男性体内雌二醇低的原因，可以分为先天性不良和后天性不良两个方面。先天性不良指的是在母体怀孕期间，没有得到良好的发育，出生后因为体质虚弱，各项激素分泌不正常，雌二醇的含量偏低。
后天性不良分别是指肾脏、前列腺和睾丸三个器官发育不良。雌二醇作为肾上腺分泌的激素，在肾脏功能不良时会出现分泌量少的情况。前列腺发育不良或者有炎症时，前列腺的储存功能就会减弱。
原本应该储存在前列腺的雌二醇，不能够得到有效的储存和释放。睾丸发育不良时不能对雌二醇的刺激产生良好的反应，分泌较少的雄性激素，而偏少的雄性激素会导致雌二醇的分泌减少。