如果肾结石行碎石术后仍然有疼痛，主要考虑存在以下几个原因：
第一、结石还未排出：肾结石的治疗一般选择体外碎石、经尿道输尿管软镜碎石等，这些治疗方法只是将结石打碎，在排石的过程中，结石进入输尿管会出现疼痛症状，有时疼痛会比较明显，一旦结石排净以后，疼痛即能缓解或消失。
第二、存在泌尿系感染：肾结石碎石术后，对于一些感染性结石，可能会继发泌尿系感染，从而出现腰腹部疼痛，这种疼痛的程度一般不重。
第三、支架管因素：很多肾结石手术中需要放置双J管，双J管的刺激也会导致腰腹部的疼痛。