间充质软骨肉瘤一般要长期治疗，根治性手术切除是治疗间充质软骨肉瘤的主要方法。放疗和化疗是非手术治疗的主要措施，但并无明显肯定的疗效。术后可以口服或注射抗感染药物，防止伤口感染。
一、药物治疗
1、术前药物：口服已烯雌酚，连续服用可使肿瘤血供减少和质地变脆，从而使肿瘤切除较为容易。
2、术后药物：
（1）头孢菌素：预防外科手术感染，防止伤口化脓，头孢菌素过敏体质者应该慎用。
（2）阿莫西林：间充质软骨肉瘤患者术后有可能会感染，阿莫西林的作用主要在各个系统的抗感染治疗，阿莫西林属于青霉素类，过敏体质者慎用。
二、手术治疗
根治性手术切除是治疗间充质软骨肉瘤的主要方法，局部充分的根治性治疗对预防复发和远处转移有重要意义。对能切除的骨盆、胫骨、股骨近端肿瘤可行手术切除治疗。
三、其他治疗
放疗和化疗是非手术治疗的主要措施，但并无明显肯定的疗效，非手术性治疗尤其是小细胞型肿瘤可行类似于小细胞肉瘤的联合化疗加放疗，对复发的肿瘤联合化疗优于单剂量化疗。