新生儿先天性巨结肠及时有效的进行手术是可以治愈的，其治疗主要以结肠根治手术为主。一旦确诊新生儿有巨结肠，需要及时给孩子进行手术，以免孩子合并肠炎引起死亡。不及时进行治疗，其转归是比较差的，多数会因为营养不良或者是发生结肠危象而死亡。如果新生儿出生24小时以上没有排便的情况，需要及时进行相关的检查，排除巨结肠的可能性。